इस मंदिर की अनूठी विशेषता यह है कि देवी की मूर्ति को ग्रीन रूद्राक्ष / पन्ना (MARAKATA) से उकेरा गया है। यह दुनिया में अपनी तरह का पहला है। इस पत्थर का रंग देवी मां के रंग से संबंधित है। कालिदास ने देवी को “मरकटा स्याम” के रूप में संदर्भित किया, जिसका अर्थ है, जो मरकटा जैसा दिखता है। मरकटा पत्थर में बहुत गुण हैं। यह देवी माँ सभी इच्छाओं को पूरा करती हैं।
इस मंदिर के शीर्ष को श्री चक्र के रूप में डिजाइन किया गया है जैसा कि श्री स्वामीजी द्वारा आयोजित किया गया था। इस मंदिर में नौ अवारों (परिक्रमा), छह चक्रों, उनके देवताओं, नव दुर्गाओं (देवी दुर्गा देवी के नौ अवतार) और अन्य दिव्य शक्तियों को एक विशेष विशेषता के रूप में दर्शाया गया है।
मंदिर की परिक्रमा करते हुए मंदिर के सबसे निचले भाग में पाए जा सकते हैं, 108 यक्ष जो अपने कंधों पर माता के मंदिर को ले जाते हुए दिखाई देते हैं। इन यक्षों में ऊर्जा सिद्धांत स्वयं देवी माँ का है।
माँ देवी राजराजेश्वरी(Marakata Rajeswari Devi ) जो सभी श्रीविद्या उपासक (श्रीविद्या के साधक) के लिए मुख्य देवता हैं, शक्ति चक्रों के रूप में प्रत्येक मानव शरीर में प्रकट होती हैं और खुद को सहस्त्रार (मुकुट चक्र) में स्थापित करती हैं।
कोई भी नौ अवरणास (संकेंद्रित परतों) की कल्पना कर सकता है,
परिक्रमा करते हुए अगर आप ऊपर की ओर देखते हैं तो पाएंगे कि मंदिर के शिखर में अर्ध चंद्र पत्थर की प्लेटें अठारह की संख्या में हैं, जो अष्टदासा शक्तिपीठों का प्रतिनिधित्व करती हैं।
इस प्रकार, हम समझते हैं कि पूरा मंदिर देवी माँ की अभिव्यक्ति है। इसलिए, मंदिर के ऊपर एक छतरी जैसी संरचना रखी गई है। उसमें भी पूजा की एक विशेष विधि है। यह छतरी जीवंत रंगों से बनी है। इसलिए दिन में देवी माँ की सात रंगों से पूजा की जाती है
मंदिर की तीन परिधि की प्रक्रिया के दौरान, किसी को यह समझ में आता है कि निर्माण की भव्यता। हमें देवी के नौ अवतारों से भी परिचित कराया जाता है। श्री स्वामीजी इन नौ अवतारों की पूजा नवरात्रि के दिनों में एक विशेष पूजा में करते हैं जिसे ‘नववरन पूजा’ कहा जाता है।
ये मंदिर हमारी विरासत का हिस्सा है। साथ ही अद्भुत दिव्य शक्तियों से भरा है।